세무서로 부터 07년 매입계산서합계표 누락혐의에 대한 <법인세 해명자료 제출안내>를 받았습니다. 대학교산학협력단과의 거래이며, 당시 정부개발과제를 추진하면서 위탁연구비로 들어있던부분입니다.(예:연구개발 국고보조금으로 1억을 받으면 그 중 3천을 대학교산학렵력단 예산으로 떼어주고, 차후 각자 소진정산후 내역을 취합하여 보고하는 과제)
당시 주관기관인 당사와 위탁기관(대학교)과의 계약서를 수령하였으며, 계좌입금하고 회계처리하였습니다.
당시에 수령한 계산서가 없었고, 연구 위탁과제라는 특수성 때문에 계산서수령에 신경을 안썼는데, 나중에 보니 학교측은 부가세 신고시 계산서신고를 했으므로, 저희쪽에서 해명해야 되는 상황입니다. 당시 담당자를 지금은 확인할수 없어, 계산서를 왜 발송해주지 않고 그쪽만 신고하였는지는 확인불가 합니다 총 계산서 금액은 2매 66,000,000 입니다.
문제없이 해명할 수있는 방법이 있는지..문제가 된다면 부담해야할 가산세는 어떻게 되는지 문의 드립니다. 감사합니다~
답변
정부개발과제를 수행하면서 위탁기관(대학교)과의 거래에 대하여 계산서 미수령으로 매입계산서합계표누락에 따른 법인세 해명을 과세관청으로 부터 요구받았다면 거래사실을 확인할 수 있는 증빙(가장 정확한 것은 계산서, 계약서 거래명세 및 송금내역 등)을 구비하여 적극적으로 해명하여야 할 것입니다.
부가가치세 잘못 신고한 경우라면 면세이므로 납부불성실가산세는 해당되지 않으며, 과세표준에 미달신고시 10%의 신고불성실가산세가 부과되나 과표에 영향이 없으면 가산세 없습니다. 또한 법인세법도 제76조 제9항의 규정에 의해 매입계산서합계표가 사실과 다르게 기재한 경우에 공급가액의 1%를 가산세로 납부해야 하나 계산서 등에 의해 거래사실 확인시 가산세 없습니다(법인세법 시행령 제120조 제10항). 다만, 과표에 영향을 준다면 매입분이므로 과다신고가 될 것이므로 경정청구로 환급받을 수 있습니다.
따라서 거래사실 확인되고 별도의 과표 등에 영향이 없으면 가산세 없으며, 소명하고 수정신고만 하면 될 것입니다.
