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세무조정사항 관행적 생략을 ‘과세표준의 신고를 하지 아니한 것’으로 볼 수 있는 것인지 전국택시연합 | 2010-05-03

<기초사항>
우리 회사는 「여객자동차운수사업법(구, 육운진흥법)」 이라는 특별법 제59조에 의하여 설립되고 같은 법 제60조에 따라 주무관청(현, 국토해양부, 구 교통부)의 허가를 받아 「자동차손해배상보장법」제5조에 의하여 삼성화재 등과 같은 자동차손해보험업을 영위하고 있는 비영리법인입니다.

참고로 동 법률에 의하여 설립된 법인은 우리 택시업종을 비롯하여 업종별로 4개 법인이 현재 유사 자동차손해보험업을 하고 있습니다.

우리 회사는 기업회계 기준에 따라 사업개시 이후 현재까지 결산시 마다 예/적금 상품에 대하여 기간경과분 이자에 대하여 결산서에 (차변)미수이자 (대변)이자수익으로 계상하고 있습니다.

다만, 미수이자에 대하여는 세무조정(당해연도분은 익금불산입, 전년도분은 익금산입)은 관행적으로 생략해 왔습니다. 즉, 별지 제3호 서식 ① 102번과 103번에 익금불산입, 익금산입을 생략해 왔던 것입니다.

그래서, 지금까지 세무서에 신고된 손익계산서상 ‘이자수익계정’ 금액과 원천납부세액명세서(갑) 서식상의 ‘이자금액’은 항상 일치하지 아니하였습니다.

<관할세무서 견해>

2009사업연도 법인세 과세표준신고시 우리 회사의 ‘원천납부세액명세서(갑) (별지 제10호서식(갑), ④)’상의 이자금액은 100억원으로 신고 되어 있고, 반면에 표준손익계산서상(별지 제3호의 3서식(1), Ⅵ. 1. 이자수익) 이자수익 계정의 금액은 90억원으로 신고가 들어간 상태입니다.

그러나, 관할세무서에서는 ‘원천납부세액명세서’상의 이자금액에 미달하는 결산서상 이자수익은 ‘과세표준 신고를 하지 아니한 것’으로 간주하고 우리 회사가 분리과세를 선택한 것으로 해석하고 선납법인세 환급을 보류하고 있는 상태입니다.

<질 의>
① 법인세법 제62조에 의하면, 비영리법인은 이자소득에 대해 과세표준신고를 하지 아니하는 것으로 선택할 수 있는데(분리과세로 납세의무 종결), 우리 회사가 세무조정 수수료까지 부담해 가며 분리과세를 스스로 선택할 이유는 별로 없습니다.

② 이와 같이 관행적으로 전술한 바와 같이 과세표준신고를 해 왔으나, 세무조정의 누락으로 인하여 이자소득금액이 적게 신고 된 경우 이를 ‘과세표준신고를 하지 아니한 것’으로 볼수 있는지에 대해 아래와 같은 양설이 있어 질의 하오니 알려 주시면 많은 도움이 되겠습니다.

- 갑설
계속적으로 기간적 차이에 대한 조정을 생략한 것은 자동조정적 오류에 불과하며 이를 무신고로 볼 수 없는 것임.

- 을설
과소신고 라고 하더라도 과소신고된 금액 만큼은 신고가 되지 아니한 것이므로 무신고로 볼수 있는 것임.

② 천만당행으로 "갑설"에 해당하는 경우 우리 회사는 2009사업연도 기 신고(‘10.3.30) 한 부분을 수정신고 또는 경정청구 할 수 있다고 보시는지요?

- 관할세무서에선 최근 2005사업년도부터 2009사업연도까지 5년동안 것을 추징할 계획 이라 함.

<참고사항>

동 법률에 의하여 설립된 4개 법인중 3개 법인도 우리와 마찬가지로 미수수익을 결산에 반영하고 세무조정은 생략하고 있으며 2009사업연도 선납법인세를 4월 중순경에 아무런 문제없이 환급을 받았습니다. 그리고 우리 회사는 외부조정 대상 법인입니다.
답변
세법이나 국세청 유권해석 등에는 관행적 생략을 인정한다는 명시규정은 없으며, 따라서 귀사의 경우 원칙적으로는 무신고에 해당된다고 판단됩니다.
다만, 해당 사항에 대한 과세관청에서 재량적으로 판단하여 처리할 수도 있다고 보여지는데, 귀사를 제외한 나머지 3개법인은 세무조정 생략에 대해 과세관청이 재량권을 발휘하였다고 판단되는바 귀사도 관할과세관청에 다른 3개 법인의 사례를 들어 재문의 해보시기 바랍니다.