답변
사업자가 부가가치세 과세사업 목적으로 학교역사관 시설을 기부할 목적으로 공사대금을 지급하는 경우 부가가치세법 제12조 제1항 제18호의 규정에 의하여 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 등으로 부가가치세가 면제되는 것으로서, 당해 사업자의 과세사업과 관련하여 교부받은 세금계산서의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제하는 것이나, 자기의 과세사업과 관련없이 교부받은 세금계산서의 매입세액은 공제할 수 없습니다.
[관련 예규] ♣ 부가46015-3814, 2000.11.24
사업자가 부가가치세 과세사업 목적으로 건물을 신축하던 중에 당해 신축중인 건물을 준공하여 지방자치단체에 무상으로 기부(증여)하기로 결정하여 준공 즉시 기부채납하는 경우에 당해 무상 기부채납은 부가가치세법 제12조 제1항 제18호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것으로서 당해 사업자의 과세사업과 관련하여 교부받은 세금계산서의 매입세액(당초 과세사업 목적을 변경하여 무상으로 기부하기로 결정된 날 이전에 공급받은 분)은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호의 규정에 의하여 매출세액에서 공제하는 것이나, 자기의 과세사업과 관련없이 교부받은 세금계산서의 매입세액은 그러하지 아니함. 이 경우 자기의 과세사업과 관련없이 교부받은 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고한 경우에는 국세기본법 제45조의 규정에 의하여 수정신고를 할 수 있는 것이나, 부가가치세법 제22조에 규정하는 가산세를 적용하는 것임. 다만, 귀 질의의 경우 당해 건물을 과세사업 목적으로 신축하던 중에 기부결정을 한 것인지 또는 당초부터 기부할 목적으로 신축하였는지는 사실 판단할 사항임.