안세회계법인

수고가 많으십니다. 2번 과세되는 상황에 대해 문의 드립니다.
저희 회사를 포함한 50개 회사가 공동으로 경기도의 한 지역에 토지를 구입하고 여러 동의 건물을 짓기 위해 특수목적법인인 주식회사 A를 설립하여 주주가 되었고 이를 통해 A사가 경기도와 토지매매계약을 체결하였습니다. 토지 계약금은 저희 회사를 포함한 주주사가 A에 납입한 자본금을 A회사가 경기도에 납입하고, 이 후의 중도금과 잔금은 50개사의 지분대로 A사에 현금으로 납입한 후, A사는 경기도에 다시 납입하였습니다.
건물 대금도 50개사 각 지분대로 A사에 진행율에 따라 납입하면 그 대금을 시공하는 건설사에 납입하는 스케쥴로 되어 있습니다. 이에 따른 토지와 건물분의 취득세와 등록세도 각 50개사 지분대로 A사에 납입하면, A사가 관할 시청에 납부하는 스케쥴로 되어 있습니다. 그 후 건물이 최종 완공되어 소유권보존등기가 A사로 나며, A사가 저희 회사를 포함한 50개사에 넘기고 A사는 청산되는 것으로 예정되어 있습니다. A에서 50개사로 이전 등기가 넘어 오는 순간 ,관할 시청에서는 다시 토지와 건물에 대한 취득세와 등록세를 납부해야 한다고 합니다. 이것이 이중으로 과세되는 모순이 발생되는 것에 대해 질의 드립니다.
또한 각 50개사의 자금으로 지출되었으나 현재는 A명의로 토지가 등기되어 있고 건물도 소유권보존등기가 A명의로 나므로, A의 명의에서 각 50개사로 이전될 경우 국세도 문제가 될수 있는지 궁금합니다.