안세회계법인

상황
1. 당사는 두 개의 사업장(A,B)을 가진 부가가치세 총괄납부 법인 사업자로서 수입 상품 판매 및 국내 제조 시설에서 생산한 제품의 판매 행위를 영위.
(A사업장은 서울 본사, B사업장은 경기도에 소재한 제조 및 창고시설)
2. 3분기 까지는 모든 상,제품 관련 매출세금계산서가 B사업장에서 발행되었으나, B 사업장의 생산활동 중단과 타 지역 소재의 외부 업체 임대 창고로 상,제품 재고이동으로 인해
4분기부터는 모든 상,제품 매출세금계산서가 A 본사 사업장에서 발행되었음.
(외부업체의 창고는 제조시설이 없는 단순 하치장 성격으로서 4분기부터 모든 상,제품 매출을 본사인 A 사업장에서 인식함)
3. 9월 21일부터 당사 역사상 처음으로 면세매출액이 발생하게 되어 공통매입세액을 안분 계산하여 납부 하여야 함
4. 2기 예정신고 때에는 면세매출액 비율이 5%가 넘지 않아 공통매입세액 안분 계산을 생략하였음.
5. 2기 확정신고 때 면세매출액 비율이 5%가 넘게 되어 예정신고분을 합산하여 공통매입세액 계산을 하려고 함.
6. 면세매출 품목이 총 4개 품목이지만, 대부분의 면세매출액은 1개의 품목에서 발생함.


질문
1. 2기 예정과 확정 기간의 매출을 인식한 사업장이 서로 다른 상황에서, 면세매출액 비율 산출 시 A,B 두 사업장의 매출을 합산하여 산출하여야 하는지,
아니면 각 사업장 별로 면세매출비율을 각각 따로 산출하여야 하는지..

2. 면세매출액의 대부분을 차지하고 있는 1 개의 거대 품목과 나머지 소규모 3개 품목이 서로 다른 창고와 물류서비스 업체를 이용하고 있는데, 공통매입세액 안분에 적용하는
면세매출비율을 각 창고 및 물류업체에서 받은 서비스 공급 세금계산서에 각각 다르게 1%, 20% 로 다르게 적용할 수 있는지의 여부
예)
창고 C, 물류업체 C’ – 소규모 3개 품목의 면세매출 (1%)과 나머지 과세 품목 보관 및 운송 - 외부 업체 창고 및 물류업체 사용
창고 D, 물류업체 D’ – 거대 1개 품목의 면세매출 (20%) 보관 및 운송 – 특정 한 개 품목을 위해 별도로 지정된 외부 업체 창고 및 독립된 물류업체 사용.