답변
1. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금은 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하며, 부가가치세과세사업과 관련없는 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않습니다.
2. 부가가치세가 과세되는 용역을 제공하고 그 대가로 국고보조금을 받는 경우의 국고보조금은 부가가치세 과세대상이며, 따라서 국고보조금을 재원으로 매입을 하는 경우에는 매입세액공제가 가능합니다.
하지만 이러한 경우에도 연구용역의 경우 부가가치세 면세에 해당하므로, 면세의 연구용역을 제공하고 그 대가로 국고보조금을 받고 해당 국고보조금으로 연구용역과 관련된 지출을 하는 경우의 매입세액도 면세관련 매입세액에 해당하므로 매입세액공제가 적용되지 않습니다.
♣ 서면3팀-2349(2005.12.23.)
1. 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가로 하는 것으로서 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함하나, 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은법 제48조 제10항의 규정에 의해 과세표준에 포함하지 아니하는 것임.
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호의 규정에 따라 매출세액에서 공제되는 것이나, 부가가치세과세사업과 관련없는 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것임.
