안세회계법인 마이 30분 Q&A

국고보조금 수취시 삼홍사 | 2009-07-30

당사는 여러회사및 연구기관과 같이 국책사업에 참여하면서, 국고보조금을 수령하기로
되어 있습니다.
국고보조금은 당사에 바로 지급되는것이 아니라, 주관회사(A사)가 일괄 수령하여,
참여 기관및 회사에 배분하게 됩니다.

이에 주관회사가 수령한 보조금중 당사 배부액에 대하여, 지급을 하는데 있어서
주관회사가 계산서 발행을 요청하고 있습니다. (지출증빙사용목적으로 보임)

이때,
질문 1. 재화및 용역의 공급이 없음에도 불구하고,
대금지급을 요청하기 위하여 세금계산서를 발행해야 하는지요?
질문 2. 친분이 있는 회계사에게 문의한바에 의하면, 상기의 경우 세금계산서가 아니라
계산서를 발행해야 한다고 하는데, 면세사업자도 아닌 당사가 계산서 발행이 가능한지요?
답변
부가가치세법 제13조제2항제4호의 규정에 의하여 재화나 용역의 대가가 아닌 무상으로 수수하는 국고보조금의 경우에는 (세금)계산서 교부대상에 해당되지 않습니다.
하지만 특정 연구과제 수행 등에 따른 연구결과물이나 지적재산이 정부 또는 정부출연금을 받은 기관에게 귀속되는 경우 해당 기관으로부터 지급받은 대가는 용역공급에 해당되어 면세용역인 경우에는 계산서를 과세용역인 경우에는 세금계산서를 교부하여야 합니다.

♣ 서면3팀-397, 2006.3.3
사업자가「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」에 의해 보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 당해 보조사업을 수행하고「부가가치세법」제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금을 지급받는 경우 동 국고보조금은 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니하는 것임.

♣ 서면3팀-73, 2006.1.12
사업자가 위탁사업계약에 의하여 부가가치세가 과세되는 용역을 제공하고 용역을 공급받는 자가 지급받은 국고보조금을 재원으로 그 대가를 받는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함하는 것으로「부가가치세법」제16조의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하여야 하는 것임.