저희는 정부출연연구기관으로서 각 부처에서 시행하는 국가연구개발 사업에 응모하여 연구사업의 주관기관으로 선정되면서 기업체가 같이 우리 연구원에 참여하여 연구를 하는 경우가 많습니다.
- 연구비를 대부분은 국가로부터 출연금 성격으로 받고, 일부는 참여기업이 현금과 현물을 부담하기에 참여기업으로부터 연구비를 일부 받는 부분이 있습니다.
- 연구결과물(보고서, 산업재산권 등)의 소유는 우리 연구원이며, 참여기업은 기술이전의 우선권을 갖게 됩니다.
- 일부 부처에서 시행하는 국가연구사업의 규정에는 우리 연구원이 참여기업으로부터 시작품을
제작받고 대금을 지급할 경우에는 이윤과 부가가치세를 불인정한다는 규정이 있습니다.
따라서 우리 연구원에서는 어쩔수 없이 다음과 같은 방법으로 처리하고 있습니다
(참여기업에게 시작품제작을 맡길경우에는 사전에 업체와 특약을 맺어 부가가치세 상당액을 우리기관에 예치하도록 하고 있습니다. 연구사업 종료후 부가세 부분이 정산에서 인정되면 업체에 예치금을 돌려주고, 불인정되면 예치금을 국가에 납부하게 됩니다...)
1. 우리 연구원과 함께 연구사업에 참여하는 참여기업과의 관계(거래)가 재화나 용역의 공급이 있는 것으로(즉 대가관계가 있는 것으로)봐야 할지? 아니면 재화나 용역의 공급(대가관계)가 없는 것으로 봐야 할까요?
2. 재화나 용역의 공급이 아닌 것(대가 관계가 없는 것)으로 본다면 우리 연구원이 참여기업으로 부터 받는 일부 연구비에 대하여 계산서를 발행해주면 않되는 것인가요?
3. 재화나 용역의 공급이 아닌 것(대가 관계가 없는 것)으로 본다면 참여기업으로 부터 시작품을 제작받고 대금을 지급할때 아무런 법적 증빙(세금계산서 또는 계산서) 없이 즉, 부가세가 없는 거래로 봐서 부가세 없이 법적 증빙도 없이 대금만을 지급해도 되는 것인가요?
4. 기업체 입장에서의 회계처리는 다음과 같이 하면 될런지요?
- 예치금을 연구원에 납부시 : 차변과목으로 미수금, 선급금, 가지급금, 예치금 중 어떤 계정과목이 가장 좋을까요?
- 예치금을 연구사업 정산후 돌려받을 때 : 차변 현금과예금 / 대변 위의 계정과목
- 불인정 되어 예치금을 돌려받지 못할때 : 차변 특별손실 / 대변 위의 계정과목
5. 기업체가 예치금을 돌려받지 못하여 특별손실로 처리할때 우리 연구원으로부터 "불인정되어 국가에 납부하였다"는 정도의 공문을 근거로 처리하면 될런지요? 이 금액은 당사자간 약정에 의하여 납부하였다가 국가에 귀속된 금액이므로 재화나 용역의 공급관계가 성립하지 않기에 세금계산서나 계산서와 같은 법적증빙은 필요없는게 맞는것인지요?
답변
1. 참여기업이 개발지원금만 연구원에 지원하고 그 결과물에 대한 권리를 취득하지 아니하는 경우 및 공동으로 연구개발하고 공동으로 그 결과물을 취득하는 경우에는 부가가치세 과세대상이 아닙니다. 따라서 계산서를 발행해주는 것이 타당하다고 판단됩니다.
2. 해당 거래의 용역공급 해당 여부, 과세 또는 면세 여부, 과세표준 포함 여부는 계약상 또는 법률상의 모든 원인과 공급의 주체, 거래주체별 책임과 의무 등 구체적인 사실관계를 종합하여 개별적으로 판단할 사항인바, 다음의 유권해석을 참고하시고 보다 확실한 내용은 과세관청(관할세무서나 국세청)에 문의하시기 바랍니다.
♣ 서면3팀-759, 2005.06.01
【질의】
정부는 전기사업법, 원자력법, 기술개발촉진법 등의 법률에 따라 조성된 기금으로 공공의 목적을 위하여 필요한 경우 과제를 선정하여 이에 대해 연구개발비의 일부를 지원하고 있음.
영리법인의 부설연구소(이하 "갑"이라 함)는 선정된 과제에 대해 전담기관과 기술개발협약서를 체결하고 당해 기술개발협약서에서 정한 정부출연금을 수령하여 과세연구를 수행하고 있으며, 연구는 갑이 단독으로 수행할 수도 있으나 주로 참여기업과 공동으로 수행함.
○ 국책연구과제의 업무흐름도는 아래와 같음.
① 정부가 연구개발사업계획서 검토, 협약체결, 정부출연금의 지급 및 정산, 기술료 징수 및 사후관리 등의 업무를 수행하도록 관련업무를 전담기관에 위임하고 예산지원
② 관계법령에 근거하여 과제연구를 선정하고, 주관기관과 기술개발협약서를 체결하고 협약서에 정한 바에 따라 정부출연금을 지급하고 정산
③ 정부출연금 중 참여기업 해당분 지급, 정부출연금은 별도의 계정을 설정하여 관리하고 잔액(이자 포함)이 있는 경우 반납
④ 전담기관의 장이 성공으로 평가하여 기술료 징수대상으로 확정된 경우에는 주관기관이 참여기업으로부터 기술료를 징수함.
⑤ 정부출연금상당액의 기술료를 납부함.
⑥ 연구수행에 필요한 원재료, 기자재 등을 외부로부터 구입
○ 각 기관별 역할
※ 전담기관(또는 전문기관): 정부 또는 정부의 위임을 받는 기관으로 주관기관의 연구개발사업계획서 검토, 협약체결, 정부출연금의 지급 및 정산, 기술료 징수 및 사후관리 등의 업무를 수행함.
※ 주관기관: 관계법령에 근거하여 과제연구를 신청하고 선정된 연구개발사업을 주관하여 수행함
※ 참여기업: 과제연구 결과물을 사용할 목적으로 총연구개발비 중 민간부담금의 일부를 부담하는 자로서 주관기관과 공동연구개발을 수행하는 경우도 있으며, 통상적으로 과제연구 완료시 기술료를 납부하고 실시권을 부여받음.
※ 실시기업: 연구개발 결과를 실시하는 기업, 기술료를 납부하여야 함.
○ 산업재산권(지적재산권)의 귀속
① 유형 1: 연구개발 완료시까지는 정부출연금 지분상담은 정부소유로 하고 개발완료 후 기술료 납부시점부터 주관기관이 소유하거나 협약에 따라서는 참여기업과 공동소유함. 이 경우 주관기관이 비영리인 경우에는 처음부터 주관기관이 소유함.
② 유형 2: 정부지분 상당부분도 치음부터 주관기관이 소유. 다만, 어느 경우에도 국가안보상 필요한 경우, 공익적 목적에 활용하기 위하여 필요한 경우, 기타 주관기관의 소유가 부적합한 경우 국가, 전담기관 또는 공동소유로 할 수 있음.
○ 유형적 결과물의 귀속
원칙적으로 주관기관의 소유로 함. 다만, 참여기업이 소유의 조건으로 부담한 연구기자재 및 연구시설은 참여기업의 소유로 함.
○ 참여기업과의 공동연구 수행시의 자금흐름
참여기업과 공동으로 과제연구 수행시 협약에서 정하는 바에 따라 민간부담액 중 일부를 분담시키며, 연구활동은 참여기업이 수행하는 경우와 수행하지 않는 경우로 분류됨.
1. 주관기관이 전담기관으로부터 수령하는 정부출연금이 부가가치세법상 국고보조금으로 보아 과세표준에서 제외하는 것인지 용역의 공급거래에 해당하는지.
2. 국책연구과제 수행에 있어서 참여기업이 연구비의 일부를 부담하되 연구활동을 수행하는지 여부 및 소유권을 취득하는지 여부에 따라 부가가치세법상 과세거래에 해당하는지.
3. 주관기관이 참여기업이 부담할 연구비와 정부출연금을 일괄관리하면서 참여기업이 필요한 연구비를 배분하는 경우에 있어서 당해 연구비 배분이 부가가치세법상 과세거래에 해당하는지.
4. 참여기업이 부담하는 기술료가 부가가치세법상 과세거래에 해당하는지.
5. 국책연구과제를 수행함에 있어서 필요한 재료 및 기자재 등을 구입함에 있어서 발생하는 부가가치세를 공제받을 수 있는지.
【회신】
1. 사업자가 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것은 용역의 공급에 해당하는 것으로서 면세한다는 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 부가가치세과세대상에 해당하는 것임. 다만, 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 경우에는 부가가치세법 제7조 제3항의 규정에 따라 용역의 공급으로 보지 아니하는 것임.
2. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세법시행령 제38조 각호의 1에 해당하는 용역을 제외하고는 면세되는 것이고, 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 공급하는 때에는 부가가치세법 12조 제1항 제13호 및 같은법시행령 제35조 제2호 라목의 규정에 의하여 부가가치세를 면제하는 것임.
3. 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가(부가가치세를 제외)로 하는 것으로서 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함하나, 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은법시행령 제48조 제10항의 규정에 의해 과세표준에 포함하지 아니하는 것임.
4. 귀 질의 1의 경우 사업자가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관과 기술개발협약서를 체결한 후 정부 또는 정부의 위임을 받는 기관으로부터 국가연구개발사업출연금을 받아 기술개발을 수행하고 그 결과 개발된 지적소유권 등을 사업자에게 귀속시키는 경우에 있어서 당해 기술개발과 관련하여 지원되는 국가연구개발사업출연금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은법시행령 제48조 제10항의 규정에 의하여 부가가치세과세표준에 포함하지 아니하는 것임.
5. 귀 질의 2 내지 4의 경우 용역공급 해당 여부, 과세 또는 면세 여부, 과세표준 포함 여부는 계약상 또는 법률상의 모든 원인과 공급의 주체, 거래주체별 책임과 의무 등 구체적인 사실관계를 종합하여 개별적으로 판단할 사항이며, 공동으로 기술을 개발하는 사업에 대한 그 결과물의 취득형태, 연구활동 수행 여부 등에 따른 부가가치세과세 여부와 관련한 기존의 질의회신사례(부가46015-105, 2001.1.15.)를 참고하기 바람.
6. 귀 질의 5의 경우 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호의 규정에 따라 매출세액에서 공제되는 것이나, 같은법 같은조 제2항 각호의 1에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것임.
7. 참고로 위와 관련된 조세법령 및 기타의 질의회신사례(소비세제과-232, 2003.12.17.)를 참고하기 바람.
참고예규: 1. 부가46015-105(2001.1.15.)
사업자 "갑"이 기술을 개발함에 있어 이에 소요되는 비용 중 일부를 다른 사업자 "을"이 부담하기로 약정하고 당해 기술은 "갑"의 책임하에 개발하여 그 개발결과물에 대한 권리를 "갑"과 "을"이 공동으로 취득하는 경우 "을"이 당해 개발결과물을 취득하는 것에 대하여는 재화 또는 용역의 공급에 해당되어 부가가치세가 과세되는 것이나, 단순히 "을"이 개발지원금만 "갑"에 지원하고 그 결과물에 대한 권리를 취득하지 아니하는 경우와 "갑"과 "을"이 당해 결과물을 취득하기 위해 공동으로 기술을 개발하고 "갑"과"을"이 당해 결과물을 공동으로 취득하는 것에 대하여는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것임.
2. 소비세제과-232(2003.12.17.)
사업자가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관과 기술개발협약서를 체결한 후 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관으로부터 국가연구개발사업출연금을 받아 기술개발을 수행하고 그 결과 개발된 지적소유권 등을 사업자에게 귀속시키는 경우에 있어서 당해 기술개발과 관련하여 지원되는 국가연구개발사업출연금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은법시행령 제48조 제10항의 규정에 의하여 부가가치세과세표준에서 제외됨.
