. 빠르고 충실한 답변에 늘 감사드립니다.
. 회사(일반과세자)는 금번에 정부과제 총괄사업자(일반과세자)로부터 '사업비' 명목의 금액을 수령하였습니다. 이 경우 회사가 발행하여야 할 계산서는 과세인지 면세인지 질의드립니다.
회사는 "주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화나 용역은 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.(부가가치세법 시행령 제3조)' 및 실제 공급받는자가 일반과세자(국가 및 학술연구기관이 아님)임을 감안하여 과세로 발행하여야 한다고 판단을 하고 있으나, 총괄사업자는 거래대상품목이 '학술 및 연구용역' 이므로 면세로 발행하여야 한다고 주장을 하고 있습니다.
답변
1. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금은 재화나 용역거래에 대한 대가가 아니므로 부가가치세 과세표준에 포함하지 않는 것인바, 귀사도 해당 연구용역의 결과물을 총괄사업자에게 주지 않고 귀사에게 귀속시키는 경우는 부가가치세 과세대상이 아닙니다.
♣서면3팀-289, 2008.02.05
재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하고 국고보조금과 공공보조금은 「부가가치세법」 제13조 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제48조 제10항의 규정에 의해 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것이나, 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 재화 또는 용역을 공급받는 자가 지급받은 국고보조금을 재원으로 그 대가를 받는 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함하는 것임.
2. 하지만 연구용역을 제공하는 대가로 국고보조금을 받는 경우에는 부가가치세 과세대상에 해당하나, 귀사가 제공하는 연구용역이 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 공급하는 때에는 부가가치세법 제12조 제1항 제13호 및 같은법시행령 제35조 제2호 라목의 규정에 의하여 부가가치세가 면제 되는 것입니다.
3. 부가가치세가 면제되는 새로운 학술 또는 기술개발을 위한 연구용역을 제공하고 총괄사업자로부터 국고보조금을 받는 경우는 부가가치세가 과세됩니다.
♣ 소비세제과-232(2003.12.17.)
사업자가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관과 기술개발협약서를 체결한 후 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관으로부터 국가연구개발사업출연금을 받아 기술개발을 수행하고 그 결과 개발된 지적소유권 등을 사업자에게 귀속시키는 경우에 있어서 당해 기술개발과 관련하여 지원되는 국가연구개발사업출연금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은법시행령 제48조 제10항의 규정에 의하여 부가가치세과세표준에서 제외됨.
2. 하지만 귀사가 받는 국고보조금이 연구용역에 대한 대가라면
