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영세율조기환급 신고 시 수정신고 에이블씨앤씨 | 2009-01-19

언제나 빠르고 정확한 답변 감사드립니다.

당사는 이번 부가세 2기 확정 신고 시 영세율 조기 환급 신고를 하였습니다.
15일날 전에 신고를 하였고 23일에 환급된다고 세무서로부터 연락을 받았습니다.
그런데 당사가 받은 매입세금계산서 중 일반 세금계산서로 받았어야 할 세금계산서가 영세율세금계산서로 수취되어 있었습니다.
일반 신고일 경우 다시 신고하면 되지만 영세율 조기 환급신고라서 나중에 경정신고를 하게 되면 가산세가 있는지 경정청구 방법은 일반 신고가 같은지 궁금합니다.
답변 부탁드리겠습니다.
감사합니다.
답변
일반과세분에 대해 영세율세금계산서로 교부받은 경우 공급시기 이후에는 수정세금계산서를 교부받지 못하며 또한 해당분에 대하여 매입세액공제도 불가능합니다.

♣ 부가46015-4973, 999.12.20.
[질의]
당사는 수출용섬유제품을 생산하기 위하여 원사를 매입하여 염색 및 임가공 등의 공정은 다른 사업자(이하 "임가공업자"라 한다.)에게 도급을 주어생산한 섬유제품을 수출업자에게 납품하는 수출품생산업자임.
이러한 과정에서 당사에 물품을 납품하는 임가공업자는 그 매출에 대하여 영세율을 적용받기 위하여는 내국신용장 또는 구매승인서에 의하여야 함에도 세법에 대한 무지로 임가공계약서를 첨부하여 1997.1. 이후 영세율을 적용받아 오던 중 당사의 이전 사업장관할세무서(1999.7. 구미에서 하던 사업을 폐업하고 대구에서 사업을 새로 개업함)인 ○○세무서에 대한 대구지방국세청 감사과정에서 매입처인 임가공업자가 임가공계약서에 의하여 적용한 영세율은 적법하지 않으므로 감사지적사항으로 임가공업자의 관할세무서로 ○○세무서가 이 사실을 통보하도록 하여 임가공업자에 대하여 부가가치세 및 가산세를 추징할 것이라는 사실을 1999.11.1. 알게 되었음.
이에 대하여 임가공업자는 관할세무서가 경정통지를 하기 전까지는 과세표준수정신고를 할 수 있다는 국세기본법 제45조의 규정에 의하여 고지서를 받기 전 임가공업자가 착오에 의하여 잘못 발행한 영세율매출세금계산서를 기임가공용역의 공급일자로 일반매출세금계산서를 수정발행하여 수정신고서를 1999.11.20. 제출하였음.
한편, 국세기본법 제49조 및 동법시행령 제29조 제2항의 규정에 의하여 이 수정신고서는 경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고서를 제출한 경우이므로 수정신고에 의한 가산세의 감면규정은 적용하지 아니하였음.
이에 따라 매입자인 수출품생산업자(본인)는 당초 교부받은 영세율매입세금계산서를 임가공업자로부터 일반매입세금계산서로 수정교부받음에 따라 일반매입세금계산서를 국세기본법 제45조의 2 규정에 의하여 ○○세무서에 1999.11.20. 경정청구를 하였음.
위와 같은 경우
1. 임가공업자가 당초 잘못 발행한 영세율세금계산서를 수정하여 일반매입세금계산서로 발행할 수 있는지.
2. 임가공업자가 세금계산서를 수정발행하여 부가가치세수정신고서를 제출한 것은 적법한 것인지.
3. 국세기본법 제45조에 경정통지를 하기 전까지는 수정신고를 할 수 있다고 규정하고 있는바 경정통지를 하기 전이라 함은 납세고지서를 송달받기 전까지를 말하는지.
4. 수출품생산업자가 임가공업자로부터 수정교부받은 매입세금계산서를 국세기본법 제45조의 2 규정에 의하여 경정청구를 할 수 있는 것인지.
5. 경정청구기한을 과세표준신고기한으로부터 1년 이내라 함에 있어 부가가치세예정신고기한도 과세표준신고기한으로 보는지. 즉, 1999년 2기 부가가치세예정신고분을 1999.11.20. 현재 시점에서 경정청구의 대상이 되는지.
6. 1년 이상 경과된 매입세금계산서의 경우 납세자의 청원에 의하여 경정기관이 가산세를 추징하고 매입세금을 환급하여 줄 수 있는지.

[회신]
1. 사업자가 부가가치세법 제11조의 규정에 의한 영의 세율이 적용되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하면서 영세율세금계산서를 교부한 경우에 당해 재화 또는 용역의 공급시기 이후에는 10%의 세율을 적용하여 부가가치세법시행령 제59조의 규정에 의한 수정세금계산서를 교부할 수 없는 것임.

2. 귀 질의 3의 경우에는 동일한 내용의 질의회신문(재경부소비46015-109, 1998.5.29.)을 참고하기 바람.

3. 귀 질의 4, 6의 경우 사업자가 부가가치세법 제11조의 규정에 의한 영의 세율이 적용되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급받으면서 영세율세금계산서를 교부받은 경우에 당해 재화 또는 용역의 공급시기 이후에는 10%의 세율을 적용한 수정세금계산서를 교부받을 수 없는 것으로 10%의 세율을 적용하여 수정세금계산서를 교부받았다 하더라도 당해 세금계산서의 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제1의 2호의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 것임.

참고예규: 재경부소비46015-109(1998.5.29.)
사업자가 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 부가가치세법시행령 제59조 본문의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것이며, 이 경우 "경정하여 통지하기 전까지"라 함은 부가가치세법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하고 그 경정한 내용이 서류 등에 의하여 사업자에게 도달하기 전까지를 말하는 것임.