답변
1. 법인이 직원 등에게 스톡옵션을 부여하고 직원이 법인으로부터 부여받은 주식매수선택권을 당해 법인에서 근무하는 기간중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액)은 소득세법 시행령 제38조 제1항 제17호의 규정에 의한 근로소득에 해당하는 것으로 행사일의 다음달 원천징수해야 합니다. 다만, 조세특례제한법 제15조 규정의 요건을 갖춘 주식매수선택권의 경우 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우에 부당행위계산의 부인을 적용하지 않으며, 종전규정에 의해 2007. 1.1 이전에 부여받은 주식매수선택권의 행사이익은 행사가 3,000만원 한도내에서 비과세 됩니다.
2. 주식매수선택권의 행사시 조세특례제한법 제15조 규정의 과세특례적용을 받기 위해서는 2년 경과후 행사해야 하며, 행사후 주식양도에 대한 보호예수기간이 있으면 그 기간내에 양도는 금지되어 있으므로 양도해선 안됩니다.
3. 주식매수선택권 행사에 따른 행사이익에 징수되는 근로소득세 등은 양도시 취득가액에 포함하는 필요경비에 해당하지 않습니다.