안세회계법인 마이 30분 Q&A

말소등기시 부가세 문제 세이디에 | 2008-10-07

[상황]

1. ‘갑’소유의 부동산을 ‘을’에게 5년 후 재매입하는 조건으로 계약이 체결하여 ‘을’에게 소유권 이전등기를 완료하고 매매대금 450억원을 ‘을’이 ‘갑’에게 지불하였고 건물에 대한 부가세를 납부 하였음.

2. 5년 후 ‘갑’과 ‘을’은 계약이행이 원만히 이루어지지 않아 ‘갑’은 ‘을’을 상대로 소유권말소등기를 신청하였고 법원은 이유있다하여, 소유권말소 조정을 강제하였는데 금원이 550억원으로 확정되었음.

질문

1) 건물분에 대한 부가세는 ‘을’이 부담하고 ‘갑’이 납부를 완료하였습니다. 그런데 5년 후 소유권이전등기가 아닌 ‘을’의 소유권이전등기에 대하여 ‘말소등기’로하는 법원의 조정이 강제 되었을 경우 기 납부한 부가세는 환급을 받는 것인지, 아니면 ‘갑’이 말소등기라하여도 건물분에 해당하는 부분에 대하여 부가가치세를 납부하여야 하는지요?

2) 말소등기의 경우 지방세법상 취득세 및 등록세의 과세대상이 되는지요?

3) 말소등기시 채권의 매입은 어떻게 되나요?
답변
1. 상황이 명확하지 않아 정확한 답변을 드리기 어려우나 기 양도하여 소유권 이전하였으나 법원의 판결로 소유권말소등기된 경우 당초 소유권 이전의 원인무효인 경우에는 기납부한 부가가치세는 환급될 것이나, 소유권말소 조정에 따른 금원 550억의 책정기준이 매매가로 볼것인지 혹은 기간에 대한 물가상승 등의 가치에 대한 평가액인지에 따라 과세여부가 결정되므로 매매로 본다면 부가가치세가 과세됩니다.

2. 말소에 따른 자산의 취득세는 원인무효로 과세되지 않으나 등록세는 기타등기(부동산의 경우 3,000원)에 해당하여 과세됩니다(지방세법 제131조).

3. 원인무효의 말소등기시 채권에 대한 소유권도 회복될 것입니다.