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원산지발급에 대한 부가가치세 세액공제는 조세특례제한법 제106조의 8 규정으로 중소기업이 수출재화를 공급하고 그 공급일이 속하는 과세기간에 세금계산서 및 원산지 확인서(공급가액의 합계액이 1천만원 이상으로서 1천만원을 초과하는 수출재화에 한함)를 공급받는 자에게 2013년 12월 31일까지 발급하는 경우에는 연간 30만원을 한도로 원산지확인서 발급 건수에 따라 건당 1만원을 공제하는 것으로서 세금계산서도 가능하며, A ITEM을 수출하는데 필수적으로 B,C,D를 공급하는 경우에 해당되면 공급가액의 합계액이 1천만원을 초과하는 경우 세액공제를 받을 수 있습니다.

[관련 조문]
● 조세특례제한법 제106조의 8 【원산지확인서 발급에 대한 부가가치세 세액공제】
① 중소기업이 「부가가치세법」 제11조 제1항 제1호에 따라 영세율이 적용되는 수출하는 재화(이하 이 항에서 “수출재화”라 한다)를 공급하고, 그 공급일이 속하는 과세기간(같은 법 제3조에 따른 과세기간을 말한다)에 같은 법 제16조에 따른 세금계산서 및 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법령에 따른 원산지확인서를 그 수출재화를 공급받는 자에게 2013년 12월 31일까지 발급하는 경우에는 원산지확인서 발급 건수에 따라 대통령령으로 정하는 금액(이하 이 조에서 “공제세액”이라 한다)을 해당 과세기간의 부가가치세 납부세액에서 공제할 수 있다. 이 경우 세액공제 대상 원산지확인서는 「부가가치세법」 제13조에 따른 공급가액의 합계액이 1천만원 이상으로서 대통령령으로 정하는 금액을 초과하는 수출재화에 대한 원산지확인서로 한정한다. (2011. 12. 31. 신설)
② 제1항을 적용할 때 공제세액은 대통령령으로 정하는 금액을 한도로 하며, 공제세액이 그 금액을 차감하기 전의 납부할 세액[이 법, 「부가가치세법」 및 「국세기본법」에 따라 빼거나 더할 세액(「부가가치세법」 제22조 및 「국세기본법」 제47조의 2부터 제47조의 4까지의 규정에 따른 가산세는 제외한다)을 빼거나 더하여 계산한 세액을 말하며, 그 계산한 세액이 음수(陰數)인 경우에는 “0”으로 본다]을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 없는 것으로 본다. (2011. 12. 31. 신설)
③ 제1항에 따른 세액공제를 받으려는 중소기업은 「부가가치세법」 제18조 및 제19조에 따른 신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 원산지확인서 발급세액공제신고서를 제출하여야 한다. (2011. 12. 31. 신설)