안세회계법인

사실관계를 추가하여 재질의 드립니다.

1) 거래당사자
A : 민투법에 의한 사업시행자로 고속도로를 건설한 후 국가에 기부채납하고 관리운
영권을 부여받아 운영중임
B : A는 휴게소의 운영권을 휴게소 전문운영업체인 B에게 임대하였음
C : C는 의류매장을 운영하는 사업자로 A와B의 임대차계약 시점 이후에 휴게소의 빈공
간을 자신의 비용으로 증축한 후 임차하였음
2) 계약 사항
B는 C로부터 추가임대료 수익을 얻게 되지만, A는 B와 어떠한 임대료 조정도 하
지 않았음. A는 증죽된 건축물에 대하여 국가로 소유권 보존등기를 할 예정이며,
이와 관련하여 국가로부터 무상사용기간 연장이나 별도의 대가가 없음

2) 등기관련사항
고속도로와 전 시설물은 기부채납에 의하여 모두 국가소유로 되어 있으며, 국가소유의 건축물 증축이므로 건축물대장은 국가소유로 발행되었으며, 국가소유로 보존등기 할 예정임

3) 관련예규
서면3팀-1682(2007.06.07.)외 다수 예규(귀법인의견 포함)에 의하면 임차인의 비용으로 임대인의 건물을 증축한 경우 임차인은 임대인에게 증축비에 대한 세금계산서를 발행하여야 하며, 소유자는 증축비에 대하여 익금에 산입 / 자산으로 계상하여야 한다고 되어 있음.

사실관계와 같이 C와 국가는 어떠한 계약관계가 없으므로, 계약관계에 따라 C는 B로, B는 A로, A는 국가로 세금계산서를 발행하는 것이 일반적인 의견이나,
부가가치세법 12조 1항 19호 및 서면3팀-708(2005.05.21.)에 의하면 국가에 무상으로 공급하는 토지와 건축물은 부가가치세가 면제되는 것으로 되어 있음.

이 경우 B와 C는 과세대상 재화를 공급하는 것이 되고, A는 면세재화를 공급하는 것이 되어 해당 매입세액을 공제 받을 수 없는 것으로 되게 되는데, A는 증축에 대하여 어떠한 이익도 발생하지 않았음에도 불구하고 매입세액만큼 손실이 발생하는바 일반적인 예규를 적용하는 것이 적정하지 않다고 판단됩니다.

1) 세금계산서의 발행은 어떻게 이루어져야 하는지 궁금합니다.
2) 일반적인 경우 임차인이 세금계산서를 임대인에게 발행하게 되면, 임대인은 수익금
액으로 잡기 위해 추가로 임차인에게 세금계산서를 발행하는 것인지도 궁금합니
다.