안세회계법인

매번 질문에 성실히 답변해 주셔서 감사드립니다.

저희 회사의 대주주가 기술이사에게 2011년 2월 1일자로 주식을 양도하고 주식양도세신고를 2011년 5월 31일자로 하였습니다. 그런데 그 주식양도세신고를 경정청구해서 취소시키고 싶은데 그것이 가능한지 여쭈고자 합니다.

왜 취소시키고자 하느냐 하면 그 사유는 다음과 같습니다.
저희 회사의 대주주가 기술이사와 합류하게 된 것은 2000년경입니다. 그때는 저희회사의 대주주가 개인회사를 할 때였습니다. 그때 기술이사를 합류시키기 위한 인센티브로 장차 법인으로 전환을 할 것인데 법인전환후에 총발행주식의 25%를 액면가로 양도해 주기로 약정을 하고 약정서를 작성하였습니다. 그러다가 2004년도에 자본금 5,000만원의 법인을 별도로 설립하였으나 그때는 기술이사에게 주식을 분배해주지 않았습니다. 그후 2009년 6월 30일자로 개인과 법인을 통합하면서 대주주에게 현물출자대가로 주식을 배정하였습니다. 그후 대주주가 2011년 2월 1일자로 총발행주식의 25%에 해당하는 1,000,000주을 액면가 500원씩에 자기보유분에서 양도를 해주었습니다. 그런데 대주주가 그주식을 양도하기전후 3개월 이내에 다른 개인들과 거래한 내역이 있는데 1주당 거래시가는 약 3,000원 정도가 됩니다. 세무서에서 위 주식양도소득세신고건에 대해서 공인회계사의 주식평가보고서를 요구해서 그 주식양도건을 검토해 보니 특수관계자가 아닌 경우에 저가양도에 해당하여 증여세과세대상이 될 수도 있겠다는 판단이 들게 되어서 이건을 취소하고 다시 기술이사에게 회사가 주식을 추가발행하여 스톡옵션으로 처리하려고 생각중입니다. 그런데 저희가 찾아본 바로는 이미 신고한 양도소득세를 경정청구로 취소하려면 소득세법기본통칙88-0-1(자산의 양도로 보지 아니하는 경우)에 해당되어야 하는데 저희의 사례가 이경우에 해당한다고 주장할 수 있는 방법이 있는지 살펴 봐 주시기 바랍니다. 감사합니다.